Les risques naturels (inondations, intempéries, etc.) font l’objet de mesures spécifiques, le cas échéant, inscrites dans des PPRN (plans de prévention des risques naturels).
Cependant, les risques naturels sont pris en compte dans les PPRT dans la mesure où ils peuvent causer des dommages et engendrer des accidents de nature industrielle.
Des mesures existent par ailleurs, en dehors du cadre des PPRT, pour protéger les sites contre certains risques naturels : le risque lié à la foudre par exemple.